El Museo posee alrededor de 3 millones objetos en su colección, y sólo una pequeña parte de los mismos se encuentran en exhibición. En gran medida, el prestigio del museo descansa en su colección de grandes mamíferos fósiles pampeanos de las eras Terciaria y Cuaternaria.

También se destacan las colecciones de trilobites del período Cámbrico y de graptolites del período Silúrico de Argentina. El museo cuenta además con salas de Zoología, Entomología, y Botánica.

Asimismo se encuentran en exposición colecciones de carácter arqueológico y etnográfico, en las que se destacan las de Argentina y Perú, y si bien la característica general del museo es su perfil marcadamente americanista, también existe una sala egipcia que expone una reconstrucción del templo original (el templo de Aksha, proveniente de Nubia). La colección arqueológica exhibe el desarrollo cultural de América desde la etapa conocida como precerámica (12.800 a. C.) hasta el imperio inca y la llegada de los europeos.

El edificio del Museo de La Plata es una construcción de características neoclásicas, el estilo dominante de los edificios de la época fundacional de La Plata. Su construcción, realizada entre 1884 y 1888, fue obra del arquitecto alemán Federico Heynemann y del sueco Enrique Åberg.

A través de Argentina Virtual, se pueden realizar recorridos virtuales por edificios que conforman nuestro patrimonio histórico y cultural. Por su importancia, el Museo de La Plata fue incluido en esta novedosa herramienta educativa.

Recorrida virtual por el Museo de La Plata